Voltado principalmente para a formação de profissionais do Sistema Único de Saúde (SUS), o Ensino do Cesteh é integrado à Pesquisa, ao Ambulatório e ao Laboratório de Toxicologia, o que significa contar com a presença de profissionais desses setores nas atividades, como também com a participação dos alunos em experiências diversas naqueles setores.
O Curso de Especialização em Saúde do Trabalhador e Ecologia Humana presencial, criado em 1996, tem oferta anual e é aberto a profissionais que desejam aprofundar conhecimentos na área, com vistas ao aprimoramento da prática profissional. Já o curso de Especialização na modalidade à distância, criado em 2006, e o Mestrado Profissional em Vigilância em Saúde do Trabalhador, desde 2013, são oferecidos através de convênio entre a Fiocruz/Ensp/Cesteh, Ministério da Saúde, secretarias estaduais ou municipais de Saúde e Cerest regionais ou estaduais, para profissionais que ocupam funções estratégicas nos serviços de Saúde do Trabalhador em municípios, estados ou Distrito Federal.
O Cesteh também realiza, por meio de convênios específicos, cursos de Aperfeiçoamento, Atualização Profissional, Formação Inicial e Continuada de trabalhadores, nas modalidades presencial ou a distância, sobre temáticas de interesse do campo. Todas essas experiências organizam o Programa de Formação do Cesteh, tendo como horizonte a perspectiva dos currículos integrados e flexíveis.
Além disso, o Cesteh também recebe alunos que desejam fazer Residência Médica (R2 e R3) e Internato nas especialidades Dermatologia e Pneumologia, bem como aqueles que querem realizar estágios curriculares obrigatórios nas áreas de Nutrição, Química, Farmácia, Biologia, Serviço Social, Psicologia, Engenharia, dentre outras que compõem o campo da Saúde do Trabalhador. Da mesma forma, alunos do programa Centro Integrado Empresa Escola (CIEE) também desenvolvem estágios remunerados no Laboratório, no Ambulatório e na Gestão do Centro. Experiências que contribuem de maneira significativa para a formação de novos profissionais, por estarem diretamente envolvidos com atividades altamente especializadas dentro de um Centro de Referência em Saúde do Trabalhador.
O Cesteh oferece, ainda, visitas técnicas a estudantes de universidades, escolas técnicas e do Ensino Médio que desejam um contato exploratório com a Saúde do Trabalhador e com as atividades desenvolvidas pelo Centro.
O Centro também integra os programas de Pós-Graduação em Saúde Pública e em Saúde Pública e Meio Ambiente da Ensp, contribuindo de maneira significativa para a formação de mestres e doutores qualificados a desenvolver pesquisas e formação no campo da Saúde do Trabalhador.